云南生物制藥有限公司的前身為1958年建廠的云南省獸醫生物藥品廠，當時為云南省畜牧局下屬的自收自支事業單位，也是農業部定點生產獸用生物制品的二十八家廠家之一。到2001年已發展成獸藥和人藥產銷一體的綜合性制藥企業，企業進行改制，從事業性質改為國有企業，人藥、獸藥進行分離。2004年企業進一步改制，從國有企業改為民營企業，成立云南生物制藥有限公司，為深圳市金沙江投資有限公司的全資企業，專業生產獸用生物制品、獸用治療藥品，成為綜合性獸藥生產企業。2005年12月獸用生物制品、獸用治療藥品全線通過獸藥GMP現場驗收。2011年4月公司增資擴股，注冊資本6000萬元，股權構成為原云南生物制藥有限公司的股東深圳市金沙江投資有限公司、廣東永順生物制藥有限公司及自然人股東。對公司生產基地進行搬遷，產品重新定位，市場銷售進行新的規劃。在昆明市高新區馬金鋪生物醫藥產業園區購買了84畝土地用于新公司的改擴建。2013年3月開工，2014年10月完成建設。2014年10月公司的獸用治療藥品業務由云南泊爾恒國際生物制藥有限公司全盤接收，完成了資產及人員的移交，GMP證書、生產許可證及59個生產文號的變更。2015年1月，浙江海正藥業收購云南生物制藥有限公司自然人股東40%股權及深圳市金沙江投資有限公司28%股權，為占有68%股份的大股東。標志著浙江海正藥業跨入中國獸用疫苗企業行列，翻開了云南生物制藥有限公司生命歷程中新的一頁。2015年2月公司疫苗生產線通過農業部獸藥GMP現場驗收，通過5條活疫苗生產線：一條胚毒活疫苗生產線、一條細菌活疫苗生產線、三條細胞毒活疫苗生產線。